Sterilizácia je dôležitou súčasťou spracovania nápojov. Sterilizácia nápojov sa líši od lekárskej a biologickej sterilizácie. Náplňová sterilizácia má dva významy: jedným z nich je zabíjať patogénne baktérie a kazené baktérie v nápoji, zničiť enzýmy v potravinách a urobiť nápoj v konkrétnom prostredí, ako je uzavretá fľaša, plechovka, alebo iný obalový kontajner, existuje určitá životnosť. Po druhé, vyžaduje sa počas sterilizačného procesu čo najviac chrániť živiny a chuť v nápoji. Preto je sterilizovaný nápoj komerčne sterilný.
Existujú dva typy metód sterilizácie nápojov: fyzikálna sterilizácia a chemická sterilizácia. Metóda chemickej sterilizácie využíva baktericídy, ako je peroxid vodíka, etylénoxid a chlórnan sodný. V dôsledku účinkov chemických zvyškov v chemickej sterilizácii majú moderné metódy sterilizácie potravín tendenciu byť metódami fyzickej sterilizácie. Metóda fyzickej sterilizácie je rozdelená na metódu tepelnej sterilizácie a metódu sterilizácie za studena. Metóda tepelnej sterilizácie je rozdelená na metódu tepelnej sterilizácie, metódu sterilizácie suchého tepla, metódu mikrovlnnej sterilizácie a metóda infračerveného zahrievania sterilizácie. Metóda sterilizácie za studena je rozdelená na metódu sterilizácie ultrafialového žiarenia, metódu ionizujúceho sterilizácie žiarenia a metódu mrazu sterilizácie. Medzi metódami sterilizácie vlhkej tepelnej sterilizácie existujú metóda pasterizácie, metóda krátkodobej sterilizácie s vysokou teplotou a metóda okamžitej sterilizácie s ultra vysokou teplotou. Takzvaná pasterizácia (pasterizácia) je metóda dlhodobej sterilizácie s nízkou teplotou, teplota sterilizácie je nižšia ako 100 stupňov, doba držania je 30 minút. Metóda krátkodobej sterilizácie s vysokou teplotou (HTST), sterilizačná teplota je vo všeobecnosti pod 100 stupňov, ako je teplota sterilizácie mlieka HTST je 85 stupňov, udržiavaná pre viac ako 15 s. Ultra vysoká teplota okamžitá sterilizácia (UHT), sterilizačná teplota je nad 120 stupňov, iba na niekoľko sekúnd. Metódy sterilizácie HTST a UHT sú nielen vysoko účinné, ale aj štruktúra a vzhľad potravín a zachovanie výživy a chuti sú lepšie ako iné metódy sterilizácie.